Sau chiến tranh Tây Ban Nha vào đầu thế kỷ 18, việc chiếm hữu vương quốc một lần nữa đã thay đổi tay. Theo các điều khoản của Hiệp ước Rastatt năm 1714, Napoli được trao cho Charles VI, Hoàng đế của Đế chế La Mã Thần thánh. Ông cũng giành được quyền kiểm soát của Sicily năm 1720, nhưng sự cai trị của Áo không kéo dài. Cả Napoli và Sicily đều bị quân đội Tây Ban Nha chinh phục vào năm 1734, và Charles, Công tước Parma, con của Philip V của Tây Ban Nha, được bổ nhiệm làm vua Naples và Sicily từ năm 1735. Khi Charles thừa kế Ngai của Tây Ban Nha từ người anh cùng cha khác mẹ của ông vào năm 1759, ông rời Naples và Sicily đến con trai ông, Ferdinand IV. Mặc dù hai Vương quốc đang trong một liên minh cá nhân dưới triều đại Habsburg và Bourbon, nhưng họ vẫn tách biệt.

Là một thành viên của Nhà Bourbon, Ferdinand IV là một đối thủ tự nhiên của Cách mạng Pháp và Napoleon. Năm 1798, ông chiếm đóng một thời gian ngắn ở Rôma, nhưng đã bị trục xuất khỏi lực lượng Cách mạng Pháp trong năm. Ngay sau đó, Ferdinand chạy trốn đến Sicily. Vào tháng 1 năm 1799, quân đội Pháp đã thiết lập một nước Parthenopaean, nhưng điều này đã chứng minh một thời gian ngắn, và cuộc cách mạng nông dân chống lại cuộc cách mạng được truyền cảm hứng từ hàng giáo phẩm đã cho phép Ferdinand trở lại thủ đô của mình. Tuy nhiên, năm 1801, Ferdinand buộc phải nhượng bộ quan trọng cho Pháp bằng Hiệp ước Florence, làm tăng thêm vị trí của Pháp như là cường quốc thống trị ở đất liền Italy.